原子力委員会の運営については、原子力委員会設置法（昭和30年12月19日法律第188号）および同法第16条の規定にもとづき制定された原子力委員会設置法施行令（昭和31年1月24日政令第4号）にもとづいて運営されているが、上記政令第4条において、同政令に定めるもののほか、委員会の運営に関し必要な事項は、委員会が定めることと規定されている。
原子力委員会は、昨昭和31年の発足にあたりその第1回会合（1月4日）において運営内規を決定し、その後も情勢の変動に即して弾力性ある運営を行ってきたが、これらの運営に関する決定事項を整理し成文化して、委員会のより能率的な運営をはかることとし、2月28日開催の第9回定例委員会において原案につき検討を加えて別記議事運営規則を修正の上決定し、同時に、委員長事故あるときの委員長を代理するものは石川委員とすることをあわせ決定した。
なお、4月4日開催の第13回定例委員会において、さらにその一部改正が行われた。
（定例会議）
第1条 原子力委員会設置法施行令第1条第1項前段の規定による定例会議は、毎週木曜日午後1時30分から開催する。
（会議回数等）
第2条 委員会の会議回数は暦年をもって整理し、定例会議及び臨時会議を通じて通し番号とし、定例、臨時の区別を明らかにするものとする。
（議案及び資料）
第3条 委員長は、あらかじめ議案を整理し、必要な資料を添えて会議に附議しなければならない。
2 委員は、自ら必要と認める事案を議案として会議に附議することを求めることができる。
3 前2項の議案に必要な資料は、原子力局において整理する。
（会議の非公開）
第4条 科学技術政務次官、科学技術庁次長及び議案の審議に必要な原子力局の職員以外の者は、委員会の会議に出席することができない。
2 委員会は前項の規定に拘らず、必要と認めるときは、日本原子力研究所及び原子燃料公社の役員及び職員その他学識経験のある者の出席を求めその意見を聞くことができる。
3 委員会は、第1項の規定により出席を認められた者以外の者が会議に出席しているときは、議案について決定を行わないものとする。
（委員長退席時等における決定の禁止）
第5条 委員長（委員長を代理する者を含む。）及び委員が中途退席をした場合は、原子力委員会設置法第11条第2項の「出席」とみなさないものとする。
（議事録の作成、配布及び保管等）
第6条 委員会の議事録は会議の議事経過の要点を摘録して作成し、次回の定例会議又は臨時会議において配布し、確認を求めるものとする。
2 委員会の決定事項は、その要旨を文書に作成し、委員会終了前出席者の確認を受けるものとする。
3 前2項の議事録の作成及び保管並びに決定事項に関する文書の作成は原子力局において行う。
（決定事項の発表）
第7条 委員会の決定事項は、委員長が発表するものとする。