昭和39年度原子力関係予算原案（各省庁原子力関係行政費を含む）は、現金額108.0億円、債務負担行為額86.5億円である。
これを38年度と比較すると現金額12.8億円（13.4％）、債務負担行為額49.5億円（133.6％）の増額となっている。
昭和39年度予算原案の特徴として、原子力第1船の建造、材料試験炉の建設、国産動力炉の開発、高速増殖炉に関する研究、プルトニウム燃料の研究、使用済燃料再処理施設の設計等、前年度にその緒についた重要継続事業を計画どおりに推進することに重点がおかれている。また、アイソトープ利用の本格化に備えた「アイソトープ・センター」の設置、その他原子力平和利用の進展に即した諸施策の遂行が図られている。
39年度原子力関係予算原案の内訳は別表に示すとおりであるが、その主なものについて述べると次のとおりである。
（１）日本原子力研究所
（イ）材料試験炉の建設
原子力開発利用長期計画の後期10年における動力炉の国産化技術の確立と、国産動力炉、高速増殖炉等の開発に資するため、43年度完成を目標に39年度から熱出力5万キロワットの材料試験炉の建設に着手する。（現金額2.0億円、債務負担行為額37.9億円）
（ロ）アイソトープ・センターの設置
アイソトープ利用の本格化に対処するため、アイソトープに関する中心機関としてアイソトープ・センターを設ける。このセンターは、おおむね3年計画をもって整備し、アイソトープの生産、頒布、養成訓練、廃棄物処理、開発試験、各種サービス等、アイソトープに関する総合的な事業を行ない、アイソトープの利用促進に資する。（現金額2.1億円、債務負担行為額0.41億円）
（ハ）国産動力炉の開発
38年度における概念設計の結果に基づき、開発すべき炉型とその概要を決定し、原型炉の詳細設計を行なうとともに関連開発試験を開始する。（現金額0.68億円、債務負担行為額0.45億円）
(ニ）高速増殖炉に関する研究
将来もっとも有望な炉型として期待されている高速増殖炉の研究推進の一環として、臨界実験装置の製作を行ない、本格的研究の準備を進めるとともに、ナトリウム取扱技術の開発を推進する。（現金額1.5億円、債務負担行為額1.7億円）
（ホ）大洗用地の購入
大洗地区に新用地132万平方メートル（40万坪）を購入する計画については、38年度予算においてそのうち33万平方メートル（10万坪）を購入するが、39年度には残りの99万平方メートル（30万坪）を購入する。（現金額2.4億円）
(ヘ）原子炉の整備運転
JRR−4は、年度内完成を目標に建設整備を進める。JRR−1については引き続き共同利用、訓練、特性調査のための運転を行ない、JRR−2については定常運転を行なうとともに照射利用面での設備技術の改善を行なう。JRR−3については高出力時における特性試験および10MW連続試験運転に併行して原子炉の整備を行なう。また、JPDRについては、連続運転を行ない、自然循環方式の運転における特性測定およびその解析研究、運転保守上の問題点の解明、原子炉運転要員の訓練等を行なう。（現金額4.9億円、債務負担行為額0.38億円）
（ト）高崎研究所の整備
2MeV加速器、60Co線源装置の完成をまって中間規模試験を本格的に実施するとともに、さらに3MeV加速器を発注製作する。また、研究棟を建設し、研究の円滑化を図る。（現金額8.1億円、債務負担行為額1.7億円）
（チ）その他の研究開発および関連事業
（I）研究開発
各原子炉の照射済燃料を検査するためのホット・ラボの拡充、再処理試験用ホット・ケーブの建設、プルトニウム燃料特別研究室の整備等を引き続き推進するとともに、従来行なってきた基礎的研究、原子炉燃料材料の研究開発、安全性に関する研究等を推進する。（現金額22.6億円、債務負担行為額0.8億円）
（II）関連事業
原子炉関係技術者の養成訓練、研究成果普及事業、放射線管理等関連事業を引き続き推進する。（現金額2.1億円）
((原研総予算、現金額66.7億円うち政府出資額60.6億円（7.5％増）、債務負担行為額43.3億円、定員増150名（技術部門127名、事務部門23名）、39年度末合計1,754名))
（２）原子燃料公社
（イ）プルトニウム燃料研究施設の建設
38年度に引き続き施設の建設、機器の据え付けを行なう。（現金額5.5億円）
（ロ）再処理施設の設計
38年度の予備設計に引き続き、施設の詳細設計の技術導入を図る。（現金額0.96億円、債務負担行為額4.4億円）
（ハ）人形峠製錬試験施設の建設39年上半期完成を目標に建設を進め、下半期には操業試験を行なう。（現金額1.7億円）
（ニ）核原料物質の探鉱
人形峠および倉吉地区において、従来どおりの規模で探鉱を行なうほか、奥丹後、東濃地区等有望地域については積極的に探鉱を実施する。（現金額2.2億円）
((公社総予算、現金額21.0億円うち政府出資額20.2億円（30.5％増）、債務負担行為額4.4億円、定員増34名（技術部門26名、事務部門8名）、ほか理事1名増、39年度末合計616名))
(3）日本原子力舶開発事業団
38年度の概念設計に引き続き、原子力第1船の建造計画第2年目として基本設計を行ない、これに基づき国内メーカーに発注する。また、これらに必要な確性試験を行なう。（現金額4.5億円うち政府出資額3.2億円（221.0％増）、債務負担行為額36.0億円、定員増4名（技術部門3名）、39年度末合計67名）
（４）放射線医学総合研究所
38年度に引き続き緊急時対策等についてのプロジェクト研究を推進するとともに、一般研究の内容を充実するための各種設備の整備および研究費の増額を図るほか、養成訓練部門および技術サービス部門を強化する。（現金額5.2億円（0.6％減）、債務負担行為額0.24億円、定員増12名（研究職7名、行政職5名）、39年度末合計403名）
（５）国立機関試験研究
各省庁所属の国立機関においては、原子炉燃料・材料、放射線標準、放射線障害防止等に関する研究を従来に引き続き推進するほか、とくに原子炉の安全対策、放射線利用に関する研究の充実を図る。（現金額5.9億円、債務負担行為額1.00億円）
（６）試験研究の委託補助
原子力施設の安全対策に関する試験研究等、本来国が行なうべきもののうち、民間で行なう方がより効果的であると考えられるものについては、これを民間に委託して行ない、また、海外技術の消化に必要な国内技術の進歩改良、照射試験等に重点をおいて研究補助金を交付する。（現金額委託費1.6億円、補助金1.5億円、計3.1億円）
（７）核燃料物質の購入等
日本原子力研究所をはじめ、大学その他の原子炉等に使用される核燃料物質の購入、借入れ等のため、必要な措置を講ずる。（現金額1.00億円、債務負担行為額0.64億円）
（８）放射能測定調査研究
従来に引き続き、環境、食品、人体等に関する放射能の調査および研究を行なうが、39年度はとくに90Srの動向および海洋汚染の調査等に重点をおき、放射能調査研究の強化を図る。（現金額0.96億円）
（９）原子力局
国際協力、原子力施設の安全対策、日米研究協力の促進、原子力啓蒙宣伝、各種調査企画等、従来行なってきた各種行政事務を強力、かつ、円滑に行なうため必要な措置を講ずる。（現金額1.4億円、定員増2名、39年度末合計148名）
（10）水戸原子力事務所
放射線監視に必要な機器の整備等を行ない、当該地区における原子力施設の安全対策の強化を図る。（現金額0.14億円、定員増2名、39年度末合計8名）
（11）理化学研究所
サイクロトロンの建設を進めるとともに、核融合反応の研究、アイソトープ利用に関する研究等を引き続き推進する。（現金額4.6億円、債務負担行為額0.81億円）
（12）原子力発電所立地調査
原子力発電所立地調査のため、地質および気象の現地調査を38年度に引き続き行なう。（現金額0.06億円）
（13）原子力施設地帯の整備
多数の原子力施設が集中し、産業経済的にも近年急速に伸長している東海村周辺地区について、その計画的調和的発展を図るとともに、万々一の事故に備えて十分な対応措置を講ずるため、必要な調査を茨城県に委託して行なう。（現金額0.04億円）
(14)各省庁行政費
関係各省庁が行なう原子力発電所または原子力船に対する規制、原子力関係対外折衝等に要する行政費は、それぞれの省庁の予算に直接計上する。（現金額1.0億円）
